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신종플루 유사성 연구에 KISTI 수퍼컴퓨터 활용

미루웨어

2010-02-16

7809

안녕하세요. 미루웨어입니다.

 

KISTI의 수퍼컴퓨터를 이용하여 신종플루 유사성이 돼지가 사람의 5.9배  더 높다는 연구 결과가 있었다고 합니다.  이러한 연구는  엔비디아의 바이오 워크벤치에서 제공하는 Tesla 클러스터를 통한 가속도 가능할 것으로 기대됩니다. 보다 자세한 내용은 본 사이트의 HPC솔루션 > 바이오 부분을 확인하시기 바랍니다.   http://www.nvidia.co.kr/object/tesla_bio_workbench_kr.html 

 

테슬라 클러스터를 이용한 유전자 분석의 장단점을 분석하면 다음과 같습니다.

장점 : Tesla GPU 클러스터의 경우 하나의 GPU에 240코어를 가지고 있기 때문에, CPU 기반 클러스터 대비 성능이 월등함.  

 

단점 : 아직 GPU를 이용할 수 있는 알고리즘이 많지 않으므로 in-house code를 이용한 GPU/CUDA 코딩을 해줘야 함. (workbench site에서 CUDA 코딩이 된 알고리즘 등 확인 가능)

 

 

"신종플루 유사성, 돼지가 사람의 5.9배"

KISTI-서울대 연구팀, 국내 슈퍼컴 분석결과

(서울=연합뉴스) 김길원 기자 = 현재 유행 중인 신종인플루엔자A(H1N1) 바이러스는 유전정보 측면에서 봤을 때 사람 유래 바이러스보다 돼지 유래 바이러스와 최대 5.9배 가량 더 가깝다는 사실이 국내 슈퍼컴퓨터 분석을 통해 밝혀졌다.

   한국과학기술정보연구원(KISTI) 슈퍼컴퓨팅본부 안인성 박사와 서울대 보건대학원 손현석 교수팀은 2004년부터 2009년 4월까지 미국 국립생명공학정보센터(NCBI)의 유전자은행에 등록된 사람 또는 돼지 유래 H1N1 바이러스와 조류인플루엔자(H5N1) 바이러스, 신종플루 바이러스의 코돈(codon.유전 정보의 최소단위) 정보를 분석한 결과 이같이 나타났다고 11일 밝혔다.

   이번 연구결과를 담은 논문은 국제학술지인 `미생물생명공학회지(Journal of microbiology and biotechnology)' 인터넷판에 실렸다.

   논문에 따르면 연구팀은 H1N1 바이러스와 H5N1 바이러스의 유전자 서열들을 대상으로 기존 계통발생학적 분석에 더해 각각의 서열정보를 코돈 단위로 나눠 그 사용패턴을 분석했다.

   즉, DNA 유전정보를 구성하는 아데닌(A), 티민(T), 구아닌(G), 시토신(C) 등 4가지 뉴클레오티드(염기) 가운데 각각 3개의 염기로 이뤄져 있는 단위코돈의 염기위치를 바이러스별로 5년치를 비교한 것이다.

   이 결과 신종플루 바이러스는 그동안 발생한 돼지 유래의 H1N1 바이러스들과 가장 가까운 상관관계를 나타냈다는 게 연구팀의 설명이다.

   특히 바이러스 전파와 관련된 헤마글루티닌(Hemagglutinin) 단백질 유전자의 경우 신종플루 바이러스와 돼지 H1N1 바이러스의 유사성이 사람 H1N1 바이러스에 비해 약 5.9배 가량 더 높은 것으로 연구팀은 설명했다.

   이처럼 신종플루와 돼지 바이러스의 유사성이 증명됨에 따라 안 박사팀과 서울대 연구팀은 KISTI의 슈퍼컴을 활용, 지난 1999년부터 현재까지 H1N1 및 H5N1 인플루엔자 바이러스의 염기 변이를 코돈 수준에서 분석하는 추가 작업을 진행 중이다.

   이를 통해 이들 바이러스가 언제부터 서로 유전적 유사성을 가졌으며, 또한 언제 변이가 진행됐는지 등을 볼 수 있을 것으로 연구팀은 기대하고 있다.

   안인성 박사는 "지금까지도 신종플루가 돼지 바이러스와 유사하다는 계통분류학적 연구가 있었지만 슈퍼컴퓨터를 통해 유전자의 최소 단위에서 이를 보다 정확히 입증한 데 의미가 있다"면서 "향후 10년치 바이러스에 대한 추가 분석을 통해 이들 바이러스의 변화과정을 알 수 있을 것"이라고 말했다.

  



bio@yna.co.kr
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기사 링크

http://www.yonhapnews.co.kr/economy/2010/02/10/0303000000AKR20100210225500017.HTML?template=2087

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